Dimulai pada tahun 1954 dengan TK dan SD ,Yayasan Badan Pendidikan Masehi (YBPM) terus memperluas pengabdianya bagi masyarakat kota Kudus dengan mendirikan SMP Masehi pada tahun 1964, dan SMA Masehi pada tahun 1968.
Searah dengan perkembangan Yayasan Kesehatan Kristen(YKK) yang membuka dan mengembangkan Rumah Sakit Mardi Rahayu Kudus yang dibuka pada tahun 1969, YBPM ditantang untuk mulai melangkah mendirikan suatu Perguruan Tinggi Swasta yang mendidik dan menghasilkan tenaga kesehatan yang bermutu & mandiri untuk mendukung tercapainya Indonesia Sehat 2010.Berdasarkan ijin MENDIKNAS nomor : 160/D/0/2004 Tanggal 17 September 2004 dan rekomendasi badan PPSDM DEPKES
nomor : HK.03.2.4.1.02692 tanggal 26 Juli 2004,maka berdirilah Akademi Kebidanan Mardi Rahayu pada Tahun 2004 .
