Susunan Akademi Kebidanan Mardi Rahayu Kudus terdiri atas unsur-unsur sebagai berikut :

1. Senat Akademi Kebidanan Mardi Rahayu Kudus

2. Unsur Pimpinan meliputi :
    a.Direktur
    b.Pembantu Direktur I Bidang Akademik
    c.Pembantu Direktur II Bidang Administrasi Umum
    d.Pembantu Direktur III Bidang Kemahasiswaan

3. Unsur Pelaksana Akademik meliputi :
    a.Bidang Tata Operasional Akademik
    b.Lembaga Penelitian
    c.Lembaga Pengabdian Masyarakat

4. Unsur Pelaksana Administrasi meliputi :
    a.Biro Administrasi Akademik Kemahasiswaan
    b.Biro Administrasi Umum

5. Unsur Penunjang Umum meliputi :
    a.Perpustakaan
    b.pusat Komputer, Internet dan Laboratorium